通向高绩效组织的道路上存在诸多挑战，应对这些挑战需要很大程度上的领导权的委托。对于那些已经下放了领导权的企业，这样做很值得。一项对1100多家企业长达30年的研究得到了很多有趣的结果。第一，在每3～5年的时间里，公司财务业绩可以增加30％～50％。第二，公司财务业绩每年的增加比传统的企业要快最少3～7个百分点。但是这些结果是因为企业能够应对以下挑战。
环境的因素
如同其他企业一样，高绩效企业是一个开放性的系统，剧烈变化的外部环境中全球化趋势显著，客户期望急速变化，都对企业施加着影响。其中最重要的因素有企业的工作地点的问题，机遇，以及企业的目标、使命、战略和愿景。高绩效组织一般将使命和愿景联系起来考虑，将以上因素都包括在其中，并与企业的核心价值整合在一起。在一个真正的高绩效组织中，愿景与目的的结合必须同时考虑到各个层次上的员工以及管理者。这种结合对于确保企业中的每一个人的认同感是非常重要的。互相的认同是高绩效企业与传统企业的最大区别。前面提到的高绩效组织的要素——员工的参与、自我引导的工作团队、完整的生产技术、组织学习和全面质量管理～一在将投入转变为产出、应对动态环境方面都很有贡献。
产出包括个人、团体和整个企业的效率和对社会的贡献。企业的效率要看企业的财务状况和员工工作生活的质量。后者包括满意度、对企业的忠诚和其他类似的衡量标准。对社会的贡献指管理者和员工的慈善捐助和志愿活动等诸如此类的活动。
因此这一开放系统的概念意味着投入、转变过程和产出都受外部环境变化的影响，并且相互间也存在影响。从而，产出必定对投人和转变过程会有反馈效应。为了适应环境的变化，必须对这一系统进行不断的调整。
内部的整合
一个很大的挑战是如何整合高绩效组织的5个要素。比如说，自我引导的工作团队在他们的计划和运作中必须包括完整的生产体系。通常这些团队要参与体系的设计。类似的，这些团队必须考虑全面质量管理，将其视为自身功能的一部分。与此同时，他们必须重视组织学习和员工的参与。在成功的高绩效组织中，这些功能和活动能够很好地匹配，正如开放式系统的投入和产出一样。
与传统的企业采用自上而下的设计体系不同，高绩效组织的结构设计将自上而下和自下而上的决策制定结合起来。成功的设计需要管理层的高度而持久的重视和由来自各层次的员工组成的各设计团队的支持。另外，也需要不断地解决因外部因素变化导致的各类问题。能够做到上述几点的企业可以获得我们将在结论部分讨论的诸多好处。
有时候在一个大型的、传统的企业内部存在高绩效组织的“孤岛”。高绩效组织的“孤岛”被绩效不高的组织或者单位所包围，有时候甚至呈对立之势。通用汽车的土星公司就是·个例子。原先为了给公司的其他单位树立榜样而建立的土星公司后来不得不为了维持一个高绩效组织而持续斗争。通用汽车总部和工会的一些有影响力的管理人员并不支持土星公司，因为他们认为这样会丢失自己在通用汽车其他更为传统的子公司里拥有的权利。
尽管存在着内部压力，土星公司早期作为高绩效组织仍然获得了成功。与此同时，外部市场力量使得土星公司维持其成功变得很难。比如说，除了最近的SUV，土星公司对其小型轿车生产线没有做过什么大的改变。另外一个制造厂设计的稍大的车型销售状况也不是很好。因此，除了早期的成功，土星公司还有许多困难。尽管如此，较之传统企业，运作良好的高绩效组织更能适应逆境。
中层管理者的角色
在建立高绩效组织的过程中，中层管理者也必须应对一系列的挑战。许多人需要完成前面提到的各个方面的一个或者多个。比如说，创建自我管理的工作团队可能会受到各个层次的管理者和员工的抵制。中层管理者最关心的是，他们可能会终结部分或者全部自己的职能。许多这样的功能通常下放给团队自身，中层管理者必须寻找新的角色，调整他们传统的作为指导者的角色。
尽管X一代的员工比较欣赏自我管理的工作氛围，其他员工(尤其是那些缺乏教育的员工)可能会实行抵制。有些员工并不认为在团队中是工作的好方法，有些人不喜欢团队带来的额外挑战。许多员工有一种强烈的独立工作的偏好，尤其是在美国。中层管理者在实施变革时面临的主要挑战，就是应对员工的抵制心态，见有效的管理者。
中层管理者面对的另一项挑战就是如何解决高绩效组织各个要素之间的冲突。比如，在通往高绩效组织的道路上，全面质量管理反映独立的、强凋各个方面质量的工作组，这些工作组一般都有大量的管理控制权。相反，员工的参与需要在很多问题上有相当数量的授权，而不是仅仅局限于质量方面。缓和这两方面的矛盾，对于管理者和员工而言都比较困难，双方都必须接受培训，以适应新的高绩效组织的角色。中层管理者不仅要接受培训，还要设计、完成对员工的培训。这种培训对于员工适应新的角色、跟上日益复杂的竞争环境是非常重要的。
高层领导
对于高层管理者而言，第一个挑战就是决定在通往高绩效组织的道路上究竟要走多远。有些仓业只是完成了前面所述几个要素中的一两个，因而就没有成为真正意义上的高绩效组织，只能说是传统企业加上了一些高绩效组织的要素。能够走多远取决于外部环境和投入网素，还有高层有多强烈的愿望成为真正的高绩效组织。比如，高绩效组织在要求创新的变化环境中非常有用。有些公司，像宝洁公司(Procter＆Gamble)，非常看重高绩效组织的概念，最高管理层也致力于向这方面发展。另外有些管理者不希望作这种努力，而满足于实现一两个要素，或者仅仅是一个要素的一一部分。
高层的另外一个挑战就是美围商业的囝际化。在地位、权利和声誉同工作价值紧密相关的闫家(如马来西亚、意大利和墨西哥等)，很难实现诸如自我引导的工作团队和员工的参与这样的高绩效组织的要素。而且，可能还缺乏具备很强的能力和教育背景的员工。最终，培训、发展中层管理者成为一个挑战。正如前面提到的，他们不再承担传统组织中的管理角色。
另起炉灶还是改造修整
最后一个挑战，是这样一个问题：应该重新设计一个高绩效组织，还是将传统组织进行改造?另行选址、从头开始的方式有时候称为“绿地”。土星公司就是一·个例子。从最初概念的形成到开工生产，总共用了10年的时间。在此期间，每一件事情都是从零开始。与此相反，改造修整从一个现有的传统组织出发，改变组织的一些没计，向高绩效组织的方向发展。
采用从头设汁方式的组织获得了财务上均每年10％的增长，相比之下，采用改造修整方式的组织实现了每年平均6.8％的增长，而没有进行改造修整的传统企业则实现了平均每年3.8％的增长。因此，尽管三种设计方式在应对内外压力的过程中都实现了增长，高绩效组织却是做得最好的。