在“从《水浒传》看什么是直线式组 织结 构”中我们已经解释了直线式组织结构，那么再加上个职能就是升级版了。
我们还是拿水泊梁山来作为我们的案例吧。一开始我们不是假设采用了直线式这种组织结构吗？但是我们发现这样下去出现了一些问题。首先，随着水泊梁山的名声越来越大，加入梁山的绿林好汉也越来越多。换句话说，我们原来假设的这个工厂，规模越来越大了。人一多，原本三个车间式的直线式组织结构开始管不过来了。各种各样的小矛盾出现了。而且，在原本三车间的结构下，每个好汉的特点也发挥不出来。比如说，在云龙公孙胜、智多星吴用还有大刀关胜这三个车间主任里，公孙胜还好，能文能武，管得了手下的人，但是吴用光凭智慧治不了手下的蛮汉子，而关胜则管不了头脑的活儿。这三个人有两个人就应该有所调整了。
好在我们的宋江厂长和你们一样聪明，他也看到了这些问题。于是他决心对这个厂的部门设置进行改革。
首先，考虑到水泊梁山的规模变大，这个厂要做的事儿也变多了 军务、钱粮、情报、守卫、生活等。这样算算，原本的三车间根本不够用啊。于是，我们的宋大厂长大手一挥，在原有三个车间的基础上又确定了一批职能部门。比如让卢俊义负责水泊梁山的外交，以对外提升形象，让吴用和公孙胜负责全厂的正副政委工作，从而让他俩充分发挥智囊团的作用。除此之外，宋江还设定了人事科、生活科、情报科、后勤科等科室，让这些科室专业性的辅助三个车间的“生产”。而为了减轻车间主任的权责，宋江还专门为他们设置了材料室、技术室之类的辅助部分。
在增设了这么多的职能部门之后，接下来必然是要有大范围的人员调动了。其实之前已经说到了一点，卢俊义作为外交官，他的副厂长一职没有变化，而原本的三个车间主任则都换了：吴用和公孙胜变成了参谋部的智囊团，大刀关胜则凋去了技术部——专门负责武艺训练。然后从后面选取了像小李广花荣这样的人才来担任车间主任。
我们可以看到，这样的人员调整对梁山很有好处——它能发挥出那些人的能力与价值。卢俊义形象好，让他做外交官有利于梁山的品牌建设；吴用与公孙胜属于以智取胜，把他们调到参谋部正合他们心意，关胜武力出众，让他去做训练再合适不过了。可以说是每个位置上的人都“物尽其用”了！
当然，这些仍然都是我们的假设（真实的梁山组织结构如何，看样子我们只能回头好好去研读《水浒传》了）。
通过两次假设，我们不难发现后面的假设更为合理。而这两次假设其实并没有很大的改变——三个车间依旧是主体，只不过后者加入了一些独立于这三个车间的职能部门而已。
但是，千万不要小瞧这些职能部门！
这种组织结构改进了直线式组织结构的一些缺陷：直线职能制之下，管理者不再需要是全能管理者，有了各个职能部门的辅助，管理者的负担大大被减轻了。直线职能制的优点就在于：它既能保持统一指挥，又能发挥参谋人员的作用；分工精细，责任清楚，各部门仅对自己应做的工作负责，效率自然就较高；组织稳定性较好，在外部环境变化不大的情况下，易于发挥组织的集团效率。
但这种组织结构同样也有管理沟通方面的不足：纵向来看，直线部门与职能部门（参谋部门）之间目标不易统一，容易产生思想和行为上的分歧；横向来看，职能部门之间联系差，信息传递路线长，矛盾将会比较多，这样一来，上层主管协调的工作量将变大；总体来说，部门间依然缺乏信息交流，不利于集思广益，共同作出决策。其他方面上，直线职能制组织结构的缺陷有：由于专注各自部门的工作，很难从组织内部培养熟悉全面情况的管理人才；系统虽说稳定，但同时刚性大，适应性差，一旦环境变化、产生新情况，较难快速适应、及时反应等等。
基于直线职能制组织结构的分工明确、结构稳定，在我国，许多大企业，以及机关、学校等都会采用这种组织结构的形式。