最早阐述组织存在的理论是在20世纪早期由德国社会科学家马克斯·韦伯(Max Weber)提出的。韦伯对这一领域的主要贡献在于提出官僚组织结构概念。根据韦伯的观点，一个理想的官僚机构应具有如下特征：个体之间有明确分工和职责区分；通过严明的权力等级达成协作；有标准化的制度和规程；计划由高层制订、低层执行，纵向区分计划与执行；遵照专门的标准进行选拔与提升。”当今大多数组织的结构是基于官僚组织的基本原则而构建的。”最典型的官僚组织的例子是军队。根据韦伯的观点，官僚形式最大的贡献在于它使组织更加理性和高效。
在韦伯之后，很多社会科学家开始基于科学原理探索组织结构。科学管理的创始人弗雷德里克·泰勒是这部分工作的主要开拓者。科学管理关注的问题是如何设计任务、工作与激励制度，并运用诸如时间和动作研究的工业工程方法提高生产能力。这些研究结果构成了泰勒关于公司内部有效监管原则的基础。”通过这种方法，将组织比作一台加满油的机器，管理者则可视为这台机器的操作者。管理者基于这些科学研究制订出特定的行动方案，以期得到确定的生产结果。泰勒认为，员工的动机受经济利益驱动且是理性的。
20世纪30年代，管理学理论逐渐转变了将组织视作机器的观点。这一时期出现了人际关系运动，强调工作中非正式社会关系的重要性。人际关系专家反对像科学管理中那样将组织视为机器，认为组织应当被理解为一个由许多同样关心企业的生存和有效运转的相互依存的人们所组成的系统。”经过人际关系运动，人们对企业的关注重点从产出转变为非正式的社会性的一面。从这个角度来看，组织不仅带来利润，还起到了促进人们交往和学习的作用。
到了50年代，管理学理论再一次发生变化，考查不同组织间的区别，并说明企业如何运用这些知识来适应新的情境和环境。一些科学家从社会学、心理学、技术和经济状况方面考查了组织的差异。这一时期的组织结构研究中最为深刻的见解是，那些设计为执行确定的固定任务和执行不确定的创新任务的组织通常是有差异的。根据这一观点，那些强调效率的企业最好是保持固定的、机械的组织结构。反过来，那些强调创新的企业最好是保持非正式的组织结构。
60年代，主流思想不再认为特定的企业应当具备特定的组织结构。这一时期出现企业的权变观，认为有效的组织结构建立在组织与其环境中各个方面相互联结并匹配的基础上。社会、政治与商业环境在组织结构的塑造中起到了很大作用。根据权变观，组织结构应当与企业的顾客、文化和所执行的工作相匹配(见下图)。当前的组织研究主要是对原有理论加以扩展。总之，组织设计并不存在万全之策。在作出组织设计决策时，管理者必须评估与外部环境相关的战略目标和企业内部的资源能力。
当前的组织研究主要是对原有理论加以扩展。总之，组织设计并不存在万全之策。在作出组织设计决策时，管理者必须评估与外部环境相关的战略目标和企业内部的资源能力。