《中国经济向何处去:基于信息经济学的分析》
目前全球经济面临的困境呼唤新的经济理论。针对国内经济学界存在的“回头看”、“完全市场经济”和“理想的悲观主义”三种倾向，全书从信息经济学角度作出了回应。具体而言，就是引进了复杂系统和信息的新理论，以现实的丰富资料为素材，以分工合作为切入点，重新认识和理解经济现象及其规律。在此基础上，明确提出了“信息生产力”的概念，并确立了一套完整的测评体系。
《复杂性研究视角中的经济系统》
如果说《中国经济向何处去:基于信息经济学的分析》是提出了当前经济学界的问题，那么《复杂性研究视角中的经济系统》则可以说是对这些问题给出了一个答案，吉宁老师在谈到这本书时也自信的表达了自己的志向——让这本书成为中国经济学界的经典，做未来二十年企业家公务员的经济教科书，可见编者对其信心和著作此书投入的心血。
《关于人为事物的科学》
吉宁老师评价其为复杂性研究的集大成著作之一，不过有趣的是吉老师对其再版的书名《人工科学》的翻译一直有不满之处，认为其未能翻译出原书名的精神。
《知识的拱门》
该书用通俗的语言讲述科学哲学的发展，从柏拉图和亚里士多德一直到80年代。用大量的历史事实证明，科学发展的两根支柱，逻辑（演绎）与实践（归纳）“一个演绎，一个归纳，这两者共同的支撑起知识这座大厦”吉宁老师如此评价。
《牛津通识读本——complexity a very short introduction》
《牛津通识读本》系列之一，当前没有汉译本，介绍了复杂性理论的科学依据，以及如何运营复杂性理论，理解自然界中的许多发展和演进。通过一系列实例，突出解释了各种类型的复杂系统，例如复杂的物理系统，流体流动和预测天气；复杂的自适应系统，以及经济学、管理学中的诸多现象和问题。
霍金曾这样评价复杂性——这是21世纪的科学。 从鸟群的运动到互联网，从环境可持续发展到经济市场监管，对于复杂的非线性系统的研究和理解已经在过去的30年中成为极具影响力的科学。
《专业化与经济组织》
经济学家茅于轼的思考，文中提出了“市场制度能保证经济的高效率，人类社会离不开它，但市场制度又是有严重缺点的制度”这一广为讨论的论点，同时其文中多项论点和结论被吉宁老师评为经济学研究的起点。
《金钱不能买什么》
能不能一切都用钱来买，一条命多少钱？器官移植多少钱？所以为什么社会上会出现一切向钱看的观点，就是我们经济理论提出了一切按钱算的理论基础。在本书中桑德尔对自由市场的能力限度进行了合理怀疑。这个怀疑，并非是从纯粹的经济效率的角度着眼；相反的，桑德尔注重市场的“道德”，想要讨论是否有一些领域是市场不应该涉足的，或者说，是金钱不应该买卖的。
《论经济学和经济学家》
“一个现象是这个经济学家说我是说经济理论的，你别跟我讲道德，别跟我讲社会责任，我就说经济理论，经济理论就是市场竞争，铁的规律，无情的，不要讲道德，不要讲社会责任。但是另外一方面的现实呢？科斯说另一方面可以处处看到经济理论无孔不入的侵入到其他领域，他的理论加《论经济学和经济学家》现在就是这样的，到底经济理论说得是什么？很简单一个问题，物质产品和精神产品能不能用同样的所谓的市场规律来解决？”
《自然与希腊人》《科学与人文主义》合集
奥地利物理学家埃尔温·薛定谔两部作品。其主题密切相关，关注的都是实在的本性以及自古以来人类如何感知存在。讨论了一些与科学和科学家在社会中的角色有关的社会议题，更关心的是历史上的大思想家是如何处理这些议题的。《自然与希腊人》着重从理性与感官的竞争、毕达哥拉斯学派、克塞诺芬尼的宗教、原子论者等展开论述；《科学与人文主义》则从科学对生活的精神影响、我们“模型”的本性、连续体的复杂性等方面展开论述。对于物理学以及相关专业的研究者具有重要的参考意义。
《人有人的用处》
作为《控制论》的作者维纳在1950年出版了《人有人的用处：控制论与社会》一书，目的就是希望通过他的努力使得人类在技术世界的环绕中更加有尊严、更有人性；而不是相反。
该书从技术谈起，逐渐将视角扩大到文化、社会等各个领域：包括人类与动物不同的学习机制、语言的机制和历史、信息的组织方式、法律和传播过程的关系、传播和社会政治的关系、知识分子的角色问题、第一次和第二次工业革命、语言中的曲解问题等等话题这本书深刻地影响了众多科学家、工程师、社会学家、政治家、社会政策制订者看待技术进步中社会变革的方式。