尽管详尽的工作分析是必需的，但对经理人员和员工来说，进行工作分析可能是极具挑战性和威胁的。这在一定程度上是因为工作分析可以把工作中正在进行和应该进行的任务区分开来。工作分析通常需要通过与经理探讨工作设计，确定什么是核心工作。工作内容往往是现任员工想做的事和能做的事。例如，一位女士获得公司提拔，成为办公室主管，但她仍然花大量时间收发、整理信件，仅仅因为这些都是她以前的工作。实际上，她现在要负责管理八名文员，她应该把拆分整理信件的工作分派给其中一名下属。她的上司不得不向她指出，工作描述已列出其职位应完成的主要工作任务，收发整理信件并不是她的新岗位所需承担的主要任务。她应该领悟成为一名主管意味着什么，哪些才是她主要的职责。
职务夸大
管理人员和员工往往都会夸大工作的重要性和意义。因为工作分析的结果会用于评定薪酬，所以大家都希望夸大自己的工作，以获得更多的报酬。职称也会被夸大，一些人力资源专家认为这一情况在恶化。一些企业用好听的头衔取代加薪，还有一些企业这么做是为了防止高薪员工对“现状”不满而跳槽。银行和娱乐等行业职务夸大的情况很严重。例如，银行和金融机构通过行政任命来提高员工对现状的满意感。美国中西部有一家小型银行，有三年工作经验的出纳就会冠以“第二副行长”或“高级客户服务代表”的职称，而不是加薪。实际上，她只是在主管不在时，充当出纳的领导，可以填写一些顾客账户表格而已。
管理上的束缚
经过工作分析后，人们以为工作描述一定可以抓住工作的本质。但如果在工作描述中遗漏了部分信息，一些员工就会钻空子，限制了管理工作的灵活性。他们会说“这超出了我的工作范围”，使管理人员难以开展工作。一些企业对员工的要求整齐划一，其工作描述非常严格。
由于存在上述困难，许多工作描述的最后一款都是含糊性条款，如“根据主管的要求，完成其他必要任务”。这种表述涵盖了员工工作中的常见问题。但是《美国残疾人法案》认为这种要求并非核心劳动任务。
强调现任者
工作分析及工作描述、工作说明书不能只描述“现任员工目前正在做什么”或“他具备哪些资格”。现任员工也许有特殊的潜力和才华承担更大范围的工作和更多的责任。当他离职后，公司也许很难找到替代的人。因而，企业可以假设现任人员离职了或再也不可能回到该工作岗位，再确定这份工作应该是怎样的，其核心工作和必要的知识、技术和能力是什么。
员工的顾虑
有人担心员工会对详细的工作调查有所顾虑。员工也许会以为详细检查意味着他做错了什么，员工在这种恐惧心理下会产生想法：只要我不让人知道工作的具体情况，我就没事了。
另外，也有员工担心调查结果会给他们带来约束，规定职责会限制创造性和灵活性。但是工作分析并不意味着改变工作范畴和深度。事实上，经过多方沟通、写得好的工作描述可以帮助员工了勰自身角色和角色的要求。消除员工顾虑最有效的办法也许是让员工参与修正程序。