企业管理者可以通过驱动组织单元和公司员工围绕如何实现价值链活动的持续改进而努力，以显著地促进卓越的战略执行。一种使用广泛而有效的用于改进内部流程绩效的工具是，将公司的价值链活动的绩效和行业最佳或者世界最佳的执行者相对比，进行标杆学习。如果公司拥有许多不同的组织单元在不同的地区履行基本相同的职能，观察某项活动所完成的效果对子公司其他单元是有帮助的。识别、分析并理解一流的公司和个人是如何实践的，能够得到相应的衡量标准，来判断内部运营和为组织单元设置的绩效标准是否合理和有效。
在追求高效运营的过程中，许多公司常依赖于三种强有力的管理工具：业务流程再造(BPR)、全面质量管理(TQM)和六西格玛质量控制技术。
业务流程再造包括，把具有战略重要性的活动从不同的部门剥离出来，并将它们的工作安排到一个单独的部门或者跨职能工作小组。当该业务流程再造被有效地完成时，它会带来显著的经营效益。通用电气(GE)的断路器事业部的订单处理部门，通过将六个生产单元合并成一个、减少之前的许多库存和处理步骤、使用设计系统自动化来替代人力定制设计的过程、将经理和工人之间的组织层级由3层减少到1层，使得从收到订单到发货所需要的时间从3周缩短到3天，生产率在一年中提高了20％，单位制造的成本下降了30％。
全面质量管理(TQM)是一种管理一系列经营方式的哲学，强调运营中所有阶段的持续改进、以100％的准确度完成任务、各个组织层级的员工共同参与并有相关权利、以团队为基础的工作设计、学习标杆以及顾客满意度。全面质量管理专注于合格产品的生产以及对顾客期望的完全满足，将它扩展到所有部门的员工——人力资源部门、研发部门、工程部门、会计部门和信息系统部门，就能取得最大的成功；该管理工具包括变革企业文化，重视各环节质量与持续改进，并将其理念渗透到组织的每一个方面。全面质量管理宣扬，管理中并不存在“足够好”的事情，每个员工都有义务参与到持续改进的工作中；因此，全面质量管理是一场没有止境的比赛，成功源自每天的一丁点儿的进步，日本人将其称为“持续改进”(kaizen)。
六西格玛质量控制则包括一整套有纪律的、基于统计的系统，以所有的业务流程(从制造环节到客户交易环节)的差错率不超过百万分之3.4为目标。六西格玛的界定、衡量、分析、改进和控制(DMAIC)过程是一套针对于不符合规格的现有流程的改进系统。六西格玛的DMAIC方法常常被用于开发新流程和生产符合六西格玛质量等级的产品。六西格玛中隐含的统计思想包括三项原则：所有的工作都是一个流程；所有的流程都具有可变性；而且所有的流程都会产生能够解释其可变性的相关数据。为了解释这三项原则是如何起作用的，让我们来看一下密尔沃基(Milwaukee)医院——它采用了六西格玛方法来绘制其处方流程。医院所开的处方由医生书写，然后由医院的药房处理，最后由护士进行管理。DMAIC分析方法揭露出大多数错误都来自于对医生字迹的误读，因此，医院实施了一项计划，要求医生将处方输入电脑，这样就极大地减少了错误的发生概率。
业务流程再造与诸如全面质量管理和六西格玛的持续改进计划的目标都是为了提高效率、产品质量和顾客满意度。两者的本质区别在于，流程再造的目的是短期内获取30％～50％甚至更多的经营效益，而全面质量体系则强调日积月累——反反复复永无止境地追求一点一滴的收获。这两种改善价值链活动和运营的方法并不冲突，公司可以交替使用这两种方法。首先运用流程再造实现一个良好的基本设计，这样能使企业的流程得到迅速而显著的改善；然后用全面质量管理体系实行持续的改进。