一、集团化运作的规模问题
虽然集团化运作能为企业带来规模经济效应，但并不是说集团的规模越大，经济效益就越好。事实上，不仅存在规模经济效应，还存在规模不经济现象，不少企业单纯追求扩大经营规模，结果集团规模扩大了，经济效益却下来了，形成量大利不增的现象。随着生产规模的扩大，企业的集团化运作很可能出现以下问题。
1.管理难度有所增加
集团规模的扩大必然会加大管理的难度，员工人数增加必然会导致集团内管理层次增加，这也必然会引起信息的交换以及指令的传达容易失真，上层管理机构既难以获得准确信息做出正确决策，也难以对员工有效监督，而且很可能会出现官僚主义横行的情况。企业规模过大，管理人员难以了解、监督、评价员工的劳动效率，容易造成激励机制的弱化，导致员工丧失工作积极性，相互推卸责任。
2.市场环境更加复杂
企业集团规模经济的实现，需要有一定的外部环境做支持。随着企业集团规模的扩大，将面临更加复杂的市场环境，这里所说的市场不仅包括商品市场，还包括劳动力市场、原料市场及资本市场，市场竞争是否激烈、渠道是否畅通、是否已达到容量极限等因素都会影响到企业集团的赢利水平，可看作是规模经济的实现条件。这些因素无疑会随着集团规模的扩大而更加复杂，从而导致企业规模扩大到一定程度以后，更加难以获得高额经济效益。
3.技术研发受到限制
随着规模的扩大，企业集团会逐渐成为市场上的垄断力量，通过垄断定价或设置进入壁垒限制其他竞争者进入市场，来赚取垄断利润。此时，企业追求技术进步的动力将有所减弱，这种情况在实现完全垄断的行业中尤为明显，这也是美国反垄断法一再发生作用的原因之一。在科学技术日新月异的今天，企业一旦停止了科技创新的步伐，必将被其他致力于研究新技术、新工艺的企业所取代，逐渐丧失市场竞争优势。
二、集团化运作的多元化问题
多元化经营在扩展企业发展空间，规避单一经营风险等方面发挥着越来越重要的作用，但并不是所有实施多元化经营的企业都是成功的，甚至有关研究表明，非相关行业企业兼并的成功率要明显低于同行业兼并。企业不顾条件地盲目多元化，将会使集团面临更大的风险，甚至出现危机，这便是“多元化陷阱”。导致企业集团陷入“多元化陷阱”的情况主要有以下几种。
1.资源配置过于分散
多元化经营要求企业同时涉足多个产业，从事多种业务，客观上要求集团将资源分散到每个产品领域，但是由于集团的资源有限甚至不足，企业并非在每个想发展的领域都有充足的资源支持，在某些领域甚至难以达到最低投资规模，无法实现规模经济，结果与在相应领域实施专业化经营的竞争对手相比，失去了竞争优势。集团一旦陷入“资源危机”，多个经营项目所需的资源难以为继，后果就会更加不堪想象，在这种情况下，企业有时连最基本的日常经营都难以维持，发展就更无从谈起了。
2.管理难度过大
从表面上看，多元化经营能够扩大集团的经营面，分散经营风险，但实际上，如果企业实行不相关多元化经营战略，进入不熟悉的行业，经营风险反而会加大。不相关多元化要求集团管理层管理不熟悉的业务活动，总部管理人员对所进入的行业不够了解，难以在短时间内掌握产品的专业知识，往往难以作出正确的决策。此外，不相关多元化还会导致企业的分支结构迅速增加，从而带来一系列管理问题，如组织结构调整过于频繁、管理层过于注重追求个人权力，这些问题不仅会导致集团管理效率低下，还很可能引起员工人心浮动，难以安心工作。
3.经营运作费用过高
如果企业集团的多元化战略实施不当，很可能导致经营运作费用过高，而抵消其所带来的经济效益。企业集团从一个经营领域转向另一个经营领域，需要从头学习生产、技术、营销及管理，从最初的投入资源到产生效益是一个漫长的过程，在这期间所发生的低效率、浪费、损失等“学习费用”会严重影响其获取最终经济效益的高低。
企业集团在新领域从事生产经营活动，需要重新培育市场，这也是经营运作费用过高的原因之一。集团在原领域的信誉、顾客认知度、品牌效应是不可能全部转移到新领域中来的，而所进入的新领域很可能已经存在实力较强的竞争对手，他们在顾客心中建立起了较高的认知度。因此，企业从事多元化经营，获得顾客认知的成本是非常大的。
三、集团化运作的利益目标不一致问题
很少有集团能真正做到战略协同，原因在于成员企业都有各自的利益目标，这些目标很可能不一致，甚至产生相互冲突。在发展过程中，每个成员企业都希望能够得到总部的重视，希望总部在制定战略、配置资源等方面尽可能地给予倾斜。尽管理论上集团的整体发展将使所有成员企业都能受益，但短期利润对成员企业的激励作用也是非常大的，没有哪个成员企业愿意为了所谓的“集团整体目标”而甘居次要地位，忍受本企业的亏损。
不仅成员企业间的利益目标有所不同，成员企业与集团总部的战略目标在短期内也可能是不一致的。如果集团总部无法对成员企业进行有效协调，会出现各成员企业为追逐各自的利益目标争夺集团资源的现象，在这种情况下，不仅成员企业间不能为实现集团整体目标而密切配合、相互合作，甚至连集团最基本的正常经营活动都难以维持。
四、集团化运作的跨地域管理问题
企业集团出于发展的需要通常在不同地区设有子公司，这就给集团化管理带来了较大的难题。毕竟不同地区的政府政策、法律规定、消费习惯、宗教信仰有所不同，集团在研发、生产、推广新产品的过程中，如果没有充分考虑各地不同的消费需求，很难在市场拓展中做到有的放矢，会出现浪费资源、投资回报率过低等问题，还可能因不熟悉当地的宗教文化而引发冲突，这些都会对集团的经济效益和社会形象产生负面影响，这在跨国企业集团的国际化战略中表现得尤为明显。
子公司位于多个不同地区必然会加大集团总部的管理难度，总部需要更广泛地了解各子公司经营管理等方面的信息，从而对子公司的业绩作出准确的评价，并及时制定生产经营等方面的决策，这就对信息在各管理层之间的信息传递提出了更高的要求，指令的传达失误、信息反馈延迟等问题会严重影响总部对子公司的高效管理。
为了加强对子公司的控制，及时获得子公司经营管理等方面的准确信息，集团总部往往会向子公司委派经理人，希望他们在子公司能够代表总部的意志，监督、管理、引导子公司员工为集团总体目标而努力工作。这种做法在现实中往往会受到阻碍，原因在于经理人身处子公司，日常工作中需要子公司员工的配合，随着与子公司员工感情的日益加深，会更多考虑子公司的发展需要，久而久之，总部企图通过经理人对子公司加强控制的目的将难以实现。
可见，尽管企业集团化运作在促进企业获取经济效益等方面发挥着重大作用，但集团化运作并不是万能的，如果管理不善，企业集团也会陷入经营困境，这就要求我们进一步深入研究企业集团的管控问题，从而尽量将集团化运作中出现的问题最小化，充分发挥集团化运作的优势，增强企业集团的市场竞争力。