在组织环境下应用目标管理的一项实用技术是平衡计分卡的提出。卡普兰和诺顿(Kaplan and Norton)主张，大多数用于评价组织绩效的典型指标在范围上过于狭隘。例如，很多组织都设置目标并定期评价其财务绩效，但财务绩效指标存在滞后性（可能需要一个月或更长时间来获取有关特定组织活动的财务成果），并且这些成果往往很少涉及其他的关键组织绩效指标，如客户满意度、员工流动率及关键的内部运营绩效。为了避免这些问题，卡普兰和诺顿建议，创建一整套针对客户、员工、内部运营和财务的目标和指示体系。客户和员工目标及指标体系构成了领先预测指标，因为客户满意度和员工流动率方面的问题往往会导致低于标准水平的运营和财务绩效。
柯菲将平衡计分卡用于明尼苏达乡村医院和学区的评价。例如，医院使用这一流程时，首先对其市场人口统计数据、客户趋势、财务绩效、内部营运（如药房、手术室使用、感染率、放射设备和实验室的使用等）以及员工和设施数据进行一次全面的审查。关键的社区和保健事务领导者接下来为医院提出新的五年愿景，并确定客户、财务、内部运营、员工和设施类别的战略重要性排序。这些排序结果被进一步提炼，以形成清楚的、可度量的目标和方便获取数据的具体指标，以便追踪每月的进展。这些平衡计分卡的目标接下来被用于驱动具体的部门目标、追踪医院绩效，并且，在帮助全体医务人员理解个人努力对组织总体绩效的贡献方面，表现得卓有成效。有几家使用平衡计分卡的医院，组织绩效得到了大幅度提高。下面列出的是其中一家乡村医院所实施的典型平衡计分卡的部分内容：
- 客户：到2012年1月1日，使病人满意度由74%提高为86%；
- 客户：到2012年1月1日，将婴儿安全出生数由每月的12名提高为20名；
- 财务：到2012年1月1日，将平均应付账款周期由84天降低为53天；
- 财务：到2012年1月1日，将营业毛利由2%提高到6%；
- 内部运营：到2012年3月1日，将整形外科手术由每天4例提高到8例；
- 内部运营：到2012年3月1日，将病人感染率由1%降低为0.5%；
- 员工：到2012年3月1日，将新聘护士所需时间由62天降为22天；
- 员工：到2012年3月1日，将员工流动率由27%降为12%。
每位员工的工资单中，都包括了一份平衡计分卡的月度报告，这份报告同时也是医院及部门医护人员会议讨论的关键议题。医护人员将回顾目标进展并定期改变策略，以达成部门和医院目标。
平衡计分卡带来的一个好处是，它使员工更为积极主动并提供了获胜的可能。在很多组织，员工努力工作却从未看到自己的成果对团队、组织绩效的贡献，采用平衡计分卡有助于避免这类问题。