20世纪90年代末，民营企业的发展进入了一个新的阶段，在经济利益最大化的同时，全球经济一体化又使得民营企业面临着新的危机——人才危机。郑晓明(2000)在其“民营企业人力资源管理忧思录”一文中指出：‘‘民营企业发展的先天不足，是在人力资源管理方面还没有形成一套适合中国国情的、适合中国民营企业发展的科学合理的人力资源管理系统。”他从宏观的角度指明了问题的所在，并进一步阐明了微观环境下人力资源管理中的以下几个问题：①缺乏人力资源战略规划；②人员流失快，人才稳定难；③管理人员素质偏低；④重使用轻开发，重组织轻个人；⑤强调管理，忽视激励；⑥人才高消费和人力的凑合；⑦注重培训的形式和数量，忽视内容和质量；⑧人事法规政策淡漠。
这些观点代表了当时民营企业人力资源管理问题的核心内容，因此，如何吸引人才是当时民营企业的一个核心问题。人员招聘弊端多、招聘程序不规范、招聘方法落后单一、岗位设置不合理、培训制度不健全，是民营企业人才吸引中存在的主要问题。不少民营企业刚刚走出家庭型、经验型管理的小圈子，在逐步建立新的管理机制的过程中，必然会出现这样那样的问题，要完全摒弃落后的人才资源管理思想，需要一个逐步适应的过程。
进入21世纪后，民营企业在人力资源管理上的问题尤为突出，并被视为民营企业“第三次创业”的关键问题。家族化管理模式的制约、追求眼前利益的短视行为、缺乏对人才的信任感以及缺乏诚信意识是民营企业人力资源问题产生的根本原因。与前期相比，这一时期的问题已不单单是如何吸引人才，民营企业的问题更多地表现在薪酬制度、组织目标、合作和人际关系、信息沟通和参与管理、组织结构以及组织环境和用人机制等方面。黄卫华和许晓洁(2003)从战略管理的角度指出：“进入知识经济时代，民营企业主要需解决的人力资源战略问题是发展和扩张的战略问题。”这种以战略管理的眼光来看待人力资源管理，对民营企业的发展有相当的借鉴意义。传统的民营企业在制定企业战略时，只是从经济的角度出发，因此，在经营战略以及人才战略上树立长远观点，把对人的管理视为企业战略的一部分显然更符合时代发展的规律，企业也才能得到更长久的发展。
事实上，民营企业的人力资源问题，不仅仅是企业自身的内部问题，更是一个涉及方方面面的社会问题。外部社会环境对民营企业人力资源管理的影响和制约主要表现在：职业经理人的市场供求机制尚未形成，供需矛盾尤为突出；人才市场发育迟缓，市场功能不健全；人才流动的市场壁垒太高，难以形成人才的市场化配置；社会保障制度不完善，民营企业人才保障尚未真正落实。
在越来越多的民营企业家意识到人力资源管理重要性的同时，他们自身的一些问题也暴露无遗，这无形中制约了民营企业人力资源管理的发展。民营企业主的权利制约问题，以及自身的素质问题和对以往成功所产生的市场幻想是导致我国民营企业人力资源管理现状的重要原因。
针对民营企业发展各个阶段所遇到的人力资源管理问题，施春来(2004)在其所写的“不同成长阶段民营企业人力资源运作探析”一文中指出：“民营企业在不同成长阶段(初创期、成长期、成熟期、高经营风险期)，人力资源管理的工作重点不同，人力资源管理活动将成为企业管理变革成败的关键。”因此，有必要通过构建科学的人力资源管理体系、创建完善的社会支持体系、创建良好的激励机制、重视员工的培训等方法，来促进民营企业的人力资源管理。
进入新的时期，对于人力资源管理问题的对策研究更加注重细节，注重抓核心。企业如何吸引、引进、留住、使用和激励那些优秀、忠实的人才，将是其取得成功的关键所在。在知识经济时代，企业之间的竞争就是创新的竞争，而创新的主体是人才，尤其是科技人才。尤其是在民营企业向成长发展期跨越的关键时，科技人才因素显得十分重要。
科技人员与一般员工在劳动上有很大的差异。生产现场的劳动是在完全认识的理论指导下进行大量的重复生产，具有明显的确定性。而科技劳动具有探索性，科学研究、技术开发的基本任务是探索和认识未知，是把未知变为已知的过程。所以，科技人员对劳动的进程、成果事先很难准确地把握，因此，科技劳动带有很大的不确定性。科技劳动也具有创造性，而创造性是科技创新的灵魂。创造性的劳动是属于高度智能性的劳动，是知识性劳动，也是科技人员灵感自由发挥的结果。科技劳动还具有继承性，科技劳动的探索和创造是在继承中实现的。继承的含义有两种：一是对前人成果的继承，一是对今人成果的继承。这一特点决定了科技人才在劳动创造时需要有配备齐全的硬件、软件设施(图书馆、信息网等)、信息交流的通畅渠道等。此外，科技劳动具有连续性，科技劳动过程是长期的、艰巨的，必须连续不断地进行。任何科研成果都只有经过科技人员长期夜以继日的奋斗、废寝忘食的钻研才能取得。最后，科技劳动具有个体性。任何发明创造都要依靠科技人员独特的想像力、聪明才智和灵感火花，并需要经过长期的努力才能取得。该特点决定了科技人才需要有富有活力的领导集体、宽松的工作环境和文化环境等。
然而，科技人员在民营企业的现状却不容乐观。
首先，家族式管理模式使企业难以引进高素质的科技人员。家族化管理，表现在用人上缺少战略思想，缺少完整合理的组织结构设计，随意化、亲情化现象明显。
其次，传统观念阻碍了民营企业引进科技人员。科技人员在观念上对民营企业存在一定程度的偏见，在选择职业时，对民营企业缺乏认同感。户籍、养老、医疗和住房等问题直接影响民营企业引进高素质技术创新人才。据对浙江省某大学2004届毕业生择业意向的抽样调查，80％以上的毕业生不愿去中小型民营企业就业，即使去民营企业就业也是抱着一种临时的观点。从浙江某电器有限公司了解到，该公司2003年招聘的数十位大学毕业生，在6个月的试用期中就已走得差不多了。许多民营企业就是处于这种一方面非常需要人才，另一方面又招不进人才、留不住人才的困境中。
再次，企业自身不重视人力资本投资。民营企业基本上不重视和顾不上人力资源的储备与开发，导致员工除了在实际工作中的经验积累之外，很难有专业意义上的员工培训。
最后，民营企业还存在不重视人才、不尊重人才的现象。由于民营企业经营者自身素质所限，即使认识到以人为本，在实践中也并没有多少真正实行过。有的只是在表面上包装自己向媒体炫耀，或试图引导员工为企业奉献。而对于引进的创新人才则表现出思维求同、容不得异己意见、贤才不能为之所用等现象。另外，许多民营企业经营者认为企业是自己创办的，员工是给自己打工的，因此，不尊重员工现象随处可见，这样，必然使员工对企业缺乏价值认同感。
因此，民营企业中科技人才满意度低而流失率高，是民营企业家颇为头痛的一个问题。民营企业的科技人才流失现象具体包括两种情况：一是处于初创阶段的民营企业，由于其创业资本有限，加上企业急于扩张的愿望，往往实行高积累低分配的政策，而求职到这类民营企业的科技人才中不少人希望得到较高的薪酬。这种职业理想与现实的差距所蕴涵的危机，在双方合作的初期也许会因为双方主观努力而被忽视，但时间稍久就会爆发。二是进行第二次创业的一些民营企业，虽然拥有较为雄厚的资本，给予各种人才的薪酬也较为可观，但由于存在上述提及的其他原因，也往往难以在较长时间内留住科技人员，更难以保证这些人才全心全意地为企业工作。另外，民营企业科技人才是一支学历层次高的人才队伍，近年来，人才还呈现年轻化的趋势，这些高素质的青年人才思想活跃，创造力强，不安于现状，当现实与理想出现反差时，往往选择跳槽。有研究表明：民营企业普通员工的年度流失率在20％～50％，中高级管理人员、技术人员每年也有20％在流动，民营企业员工的不稳定和频繁跳槽，给其发展带来严重负面影响。这不仅有关人才流失，而且还涉及商业机密。优质人力资源短缺是目前民营企业发展中面临的主要瓶颈，许多民营企业苦心经营了很多年，但最后不仅长不大反而逐渐衰弱，这与其不能很好地突破人力资源瓶颈有很大关系。
人才流失会带来一系列危害，撇开人才与老板可能产生的冲突不说，仅就人才流失的成本来看，也是很高的。因此，民营企业仍需要从企业自身角度进行调整，降低人才流失率，培养忠诚的人才，发挥技术人员的智慧，激励他们的创造力以便快速灵活地应对全球一体化的经商环境。