很多成功的创新并不简单依赖于新的科学技术，而是应用了对各方面商业元素的改组和融合。这里，创新创造的是全新的商业模式。无论是否有新的技术产生，这样的商业模式使得消费者、制造方和供应方一起，用新的方式来进行商业活动。商业模式（business model）是指一个组织通过结构化的活动安排来管理其收益和成本。在瑞安航空公司（Ryanair）的商业模式创新中，采用直接网络销售，取消旅行代理点中间销售环节，以及使用便宜的支线机场，由此使得整个收益模式发生改变。其中，网络销售的方式和采用便宜的机场比技术创新更为重要。实际上，网络销售的模式并非瑞安航空公司首创，较之同行竞争者，瑞安航空拥有的飞机也没有什么不同。但是，这样的商业模式创新可以比技术创新更有效地给公司带来收益。
商业模式的创新机会可以用通过价值链及活动系统分析企业的战略能力一文中介绍的价值链分析法、价值网模型或者活动系统框架来分析。这些框架指出了创新的两个潜在领域：
1.产品。新的商业模式可以改善现有的产品或者服务。依照价值链分析法，新的模式关系可在技术开发、采购、内部后勤和运营等诸多方面展开。例如，美国纽柯钢铁公司（Nucor）首先在钢铁工业中开发出电炉电弧炼钢技术。这项技术采用电弧炉熔化废钢来炼钢，而不是采用纯铁来炼钢。他们雇用了没有工会组织的劳动力，并且将大部分的产品研发外包给设备供应商奥地利钢铁联合公司（Voest Alpine）。
2.销售。新的商业模式可能会由于改变销售和分销形式而改变组织的收益模式。依照价值链分析法，新的模式在境外物流、市场、销售和服务上也有改变。美国纽柯钢铁公司在互联网上以标准价格出售其便宜且低质量的钢铁。与此相对，传统的钢铁生产商会在与单个消费者经过细致谈判后，才决定对方所需产品的价格和规格。
商业模型的概念强调了如何组织商业活动的基础特征。按照商业模式来看，成熟的产业总是包含了很多标准化过程。例如，多数会计事务所的经营方式都非常相似，他们的大部分收益源于审计工作，并且主要依赖于高比例的员工而不是合伙人。商业战略具有一种标准化商业模式的产业特征，这种商业战略大部分是关于差异化策略。所以，不同的会计师事务所在同样的商业模式下为了区分彼此，会强调自己特定的部门专业性或者国际化网络。
然而，商业模式的基本性质意味着，商业模式创新容易引发根本性的转变。商业模式创新不仅涉及技术，还涵盖了公司众多的商业活动。因此，商业模式可以帮助经营者或企业家将科技作为创新整体的一部分来考虑。创新可能源自整个价值链的任何一个部分，而不仅仅是技术开发，根本性的技术创新甚至也需要商业模式的创新。例如，丰田为了推广自己革命性的电动汽车在法国的应用，与电力供应商法国电力公司和其他权威机构合作建立了提供补贴的公共汽车充电站。“互联网崛起给百视达的商业模式带来的冲击”一文说明了商业模式创新给电影租赁业带来的根本性影响。