过去的2014年对世界卫生组织是一个考验，4月份源自墨西哥的猪流感病毒（H1N1）在世界范围内迅速传播。6月份，世界卫生组织的总干事陈冯富珍（Margaret Chan）宣称：“世界正步入21世纪第一个流感大流行的早期阶段。”自1968年导致近100万人死亡的香港型流感（H3N2）以来这是最严重的一次，数以亿计的人需要迅速接种疫苗。
作为联合国健康政策的协调者，世界卫生组织拥有8000名健康和其他领域的专家。大约有1800人在总部日内瓦工作，其余的分布在世界六个地区机构（非洲、欧洲、南亚和东亚、美洲、地中海东部和西太平洋地区），共有147个国家机构。世界卫生组织的责任范围广泛，从儿童医学、根除麻风病到解决艾滋病。
从传统上来讲，世界卫生组织是分权化的。地区机构一般拥有大约100名专业人员，再加上支持人员，共同解决该地区典型的卫生问题。他们同时管理所属地区的行政、人事、药物供给和安全服务。但是，来自成员国有关低效率的批评，以及已经明显升高的流行病威胁（全球疾病爆发），都给世界卫生组织带来了管理变革的压力。历史上虽然有过著名的流行病（如黑死病），但自1968年的香港型流感以来，又陆续出现了20世纪80年代的艾滋病、2003年的非典、2004～2007年的禽流感，以及2014年的H1N1病毒。
陈冯富珍博士自20世纪90年代起担任香港卫生组织的领导人，处理过非典病毒和禽流感的早期爆发。2004年，她成为世界卫生组织的助理总干事。到达日内瓦后她的第一个举措是，建立战略卫生行动中心——掌控全球范围内疾病爆发的中枢系统。2006年，陈冯富珍成为世界卫生组织总干事，推动了进一步的管理改革。
图：世界卫生组织总干事陈冯富珍
这些改革中，首要的内容是2008年在吉隆坡建立的全球服务中心。这个中心为世界卫生组织在全球范围内各国各地区的机构员工提供人力资源、工资、采购和应付账款等方面的行政服务和支持。此前，大部分执行这些职能的岗位都在日内瓦，各国各地区的机构被抑制。第二个重要的改革是，2014年创建了全球管理系统。这个系统主要采用美国甲骨文公司（Oracle）的企业资源管理系统，将现有的世界卫生组织系统整合在一起，包括财务、人力资源、旅行、项目规划和采购。
截至到2015年3月，H1N1病毒在208个国家夺取了10,000条生命。实际情况并没有预想的那么糟，因而有些人指责世界卫生组织最初夸大了威胁。在一次采访中，陈冯富珍向加拿大通讯社（Canadian Press）说：
“我能理解所有的怀疑和阴谋论，但我必须强调这些都没有依据……1997年我在香港（早期爆发的禽流感）推行的所有措施都成为了全球的标准。世界卫生组织对付非典病毒采取的激进做法起到了良好效果……我认为在宣告胜利之前，我们必须保持谨慎，在未来6~12个月内继续关注流感（H1N1）的发展。”
结构是组织获得成功的关键之一。但是，结构只有得到正式和非正式组织系统的支持才能发挥作用。如果把结构比作身体里的骨骼，系统就像是控制其行动的肌肉。 世界卫生组织结构和系统的变革，正显示了结构和系统之间的这种联系。